北海道・函館にある斧江財閥の収蔵庫に、怪盗キッドからの予告状が届いた。今回キッドが狙うのは新選組副長・土方歳三にまつわる日本刀。一方、西の名探偵・服部平次とコナン達も函館開催の剣道大会に訪れており、犯行予告当日、平次がキッドの変装を見事見破り追い詰めるが…!?
時を同じくして胸に十文字の切り傷がつけられた遺体が函館倉庫街で見つかる。捜査線上に浮かび上がったのは、アジア一帯で武器商人として活動する日系アメリカ人の男。彼は斧江家初代当主が函館のどこかに隠したお宝を探していた。それは戦時中の強力な兵器という噂も…。そのお宝とキッドが狙う刀はどうやら関係があるようで、刀を狙うキッドに対し謎の剣士の影が迫り…。
刀に秘した真実が闇夜を切り裂き、いま月下へと導かれる。天下分け目のお宝争奪バトルミステリー、ここに開幕！