侵略なんて何のその、怠惰な日々を送るケロロ小隊一行。そんなある日、全国各地で勃発する、摩訶不思議な現象の数々に直面する。危機感を覚えたケロロ小隊が、侵略者のプライドをかけて立ち上がる！ゆく先々で遭遇する謎の文字の意味とは――。『ケロロ軍曹』史上、最大スケールの戦いが、令和に幕を開ける！