侵略なんて何のその、怠惰な日々を送るケロロ小隊一行。そんなある日。渋谷で謎の妖怪たちが大発生！？さらにそこから全国津々浦々で摩訶不思議な現象が勃発する。ゆく先々で遭遇する謎の文字、そして暗躍する“謎の天才発明家”の影。新たな侵略者に危機感を覚えたケロロ小隊が、侵略者のプライドをかけて立ち上がる！そこに現れるケロン人の兄弟「アルル」と「デルル」はいったい何者なのか——『ケロロ軍曹』史上最強の敵に、最大スケールの戦いと驚きがこの夏幕を開ける！