新宿・歌舞伎町で生きる刑事・矢吹恭二は、裏社会に精通し、ドラッグやギャンブルに溺れ、ヤクザから命を狙われ、相棒殺しの噂まである最悪の刑事＝“バッド・ルーテナント”。毎日借金取りに追い立てられる中、ヤクザを狙った連続猟奇殺人事件が発生する。捜査開始早々、遺体の入れ墨から身元を割り出し、一人の容疑者・石塚満を特定する矢吹。そんな彼の前に、アメリカから来日したFBI捜査官グエンが現れる。日本で行方不明となった次期大統領の娘捜索のため、グエンとタッグを組まされることになる矢吹。歌舞伎町で次々に起こる凶悪殺人事件とグエンが追う失踪事件。無関係に見えた２つの事件は、やがてこの街の最深部で複雑に絡み合っていく――。