トップクラスの能力をもつ者が入学を許される超エリート校・Ｙ学園。その学園に新設された選出基準「ＹＳＰ」により選ばれた主人公・寺刃ジンペイは“ 不思議解明ミッション” を下され数々の怪事件に挑む。はたしてＹ学園に隠された秘密とは…？摩訶不思議な世界で新たな妖怪ウォッチが回り始める！