タソガレドキ忍者・諸泉尊奈門との決闘に向かった後、消息を絶った土井先生。山田先生と6年生による土井先生の捜索が始まる中、担任不在の1年は組では、忍び組頭・雑渡昆奈門と、尊奈門が教壇に立つことに！そんな中、きり丸は偶然、土井先生が置かれた状況を知ってしまう。一方、土井先生捜索中の6年生の前に突如現れたのは、ドクタケ忍者隊の冷徹な軍師・天鬼。その顔は土井先生と瓜二つ…。忍たま達に立ちはだかる最強の敵を前に今、強き「絆」が試される。果たして乱太郎、きり丸、しんべヱたちは、土井先生を取り戻すことができるのか…⁉「忍たま乱太郎」史上最強、激闘と絆の物語！