人間の体内の細胞、その数なんと37兆個。酸素を運ぶ赤血球、細菌と戦う白血球、そのほか無数の細胞たちが、健康と命を守るために日夜全力ではたらいている。高校生・漆崎日胡は、父親の茂しげると2人暮らし。まじめで健康的な生活習慣の日胡の体内の細胞たちは楽しくはたらいている。一方、不規則不摂生な生活習慣の茂の体内では、ブラックな労働環境に疲れ果てた細胞たちが文句を言っている。仲良し親子のにぎやかな日常、その体内への侵入を狙う病原体たちが動き始める…。
大人気マンガ『はたらく細胞』がついに実写映画化！漆崎親子の未来をかけた、細胞たちの「体内史上最大の戦い」が幕を開ける！