C.E.75、戦いはまだ続いていた。独立運動、ブルーコスモスによる侵攻…事態を沈静化するべく、ラクスを初代総裁とする世界平和監視機構・コンパスが創設され、キラたちはその一員として各地の戦闘に介入する。そんな折、新興国ファウンデーションから、ブルーコスモス本拠地への合同作戦を提案される。
ガンダムSEEDシリーズ最新作『機動戦士ガンダムSEED FREEDOM』が、9月20日(金)より特別版上映決定！約500カット以上がアップデートされた映像に、第１弾・第２弾で異なるエピローグカットが追加された“期間限定の特別版”。