いつものようにパトロールをしていたアンパンマンは、空から落ちてきた不思議な男の子・チャポンと出会います。自分がどこから来たのかわからないチャポンは、アンパンマンたちと一緒に過ごすなかで、誰かを助け笑顔にする喜びを知り、「ヒーローになりたい！」と願い、アンパンマンを兄のように慕うようになります。しかし、チャポンの出生の秘密を知るばいきんまんが現れ、衝撃の真実を知ることに。涙の雨を降らすチャポンを優しく包み込むアンパンマン。「生まれた意味は自分で決める！」チャポンはみんなの笑顔のため、アンパンマンと一緒にばいきんまんに立ち向かうのでした―。