「今もっとも推せるスクールアイドル」を決めるスクールアイドルGPX。沖縄で盛り上がりを見せたこのイベントに参加するため、時を同じくして、果林、愛、せつ菜、璃奈、栞子、ミアの6人は、もうひとつの会場を訪れていた。京都、大阪、神戸、三都市を舞台に6人は思い思いの活動を開始する。そんな時、同好会の一員としてスクールアイドルを楽しむミアの前に、姉のクロエ・テイラーが現れる。一方、限られた時間のなかで理想の存在「優木せつ菜」として活動する中川菜々にはある悩みが――。同好会メンバーの想いも巻き込み、スクールアイドルGPXは想定以上の盛り上がりを見せていく…。12人と一人の少女たちが紡ぐ青春学園ドラマ、第2章。もうひとつのときめきの物語、開幕。