2011年1～4月にテレビ放送された「魔法少女まどか☆マギカ」の劇場版シリーズ第3作。全12話のTVシリーズを再構成した「前編　始まりの物語」「後編　永遠の物語」に続くストーリー（2013年製作）

円環の理となって概念と化した鹿目まどか、魔力を使いきって命を散らせたはずの美樹さやかと、すでに存在するはずのない二人の登場は何を意味するのか。戸惑いの表情を浮かべる新たな魔法少女・百江なぎさ、彼女はいかなる真実を語るのか。そして、新たに現れる、神の理に抗い世界を蹂躙する存在とは。「魔法少女まどか☆マギカ」の真のクライマックスがついに描かれる。