人類最後の秘境・大穴『アビス』には、奇妙な生物と人智を超えた遺物が眠り、人々は冒険心に駆られ、大穴に挑戦する者は『探窟家』と呼ばれるようになった。アビスの縁の街オースに暮らす孤児リコは、偉大な探窟家だった母ライザのようになりたいと願い、母の白笛発見をきっかけに深層への旅を決意する。記憶喪失のロボット・レグ、成れ果てのナナチと共に五層でボンドルドと対峙し、彼のもとで育った少女プルシュカは、非道な実験の末に「命を響く石（ユアワース）」となりリコの旅路を支える存在となる。三人は深界六層「還らずの都」で、「価値」を絶対視する成れ果ての村にたどり着く。 成れ果ての姫・ファプタには、“母イルミューイを苦しみから解放するために村を滅ぼす”という願いがあり、その成就は村の悲劇的な崩壊を招く。リコたちは、犠牲と願いの果てに深界七層を目指し進んでいく。